1、形态不同裸子植物：种子裸露，没有皮包裹，裸子植物它们有胚珠（不同于蕨类植物门），但心皮不包成子房，且胚珠裸露，胚乳（即雌性原叶体）在受精前已形成（不同于被子植物门）。
被子植物：被子植物种子是由果皮包裹着的。
2、种子胚数不同被子植物种子内通常只有一个胚裸子植物大多数种子内有强烈的多胚现象3、花不同裸子植物，有孢子叶球，而无真正的花。被子植物，具有真正的花，被子植物在形态上具有不同于裸子植物所具有的孢子叶球的花。
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